Placée sous l'autorité d'un Coordonnateur Exécutif Adjoint, la Commission Recherche et Management des Projets assure le pilotage scientifique, technique et opérationnel du Comité National de Développement des Technologies. Elle coordonne l'ensemble des activités de recherche, le montage et le suivi des projets, ainsi que l'élaboration de la stratégie de développement et de transfert des technologies.

À ce titre, elle encadre les travaux des Secrétariats techniques et des Commissions Techniques du CNDT, et rend compte au Secrétaire Permanent de l'état d'avancement des projets et de la performance des unités placées sous sa supervision.

Placé sous l'autorité d'un Chef de Secrétariat, le Secrétariat de la Recherche est chargé de la planification annuelle des projets et des activités de Recherche et Développement (R&D), du suivi et de l'élaboration des rapports scientifiques au Comité National de Développement des Technologies, ainsi que de la préparation et du suivi des dossiers d'évaluation des chercheurs. Il anime également la vie scientifique du CNDT.

Placé sous l'autorité d'un Chef de Secrétariat, le Secrétariat de la Maturation des Projets est chargé de l'évaluation de la maturité des projets, de la prospection et du montage des projets de Recherche et Développement (R&D), de leur consolidation et du suivi de leur exécution, ainsi que de l'évaluation statistique de leur mise en œuvre.

Placé sous l'autorité d'un Chef de Secrétariat, le Secrétariat de l'Information Scientifique et Technique est chargé de regrouper l'ensemble des informations produites par la recherche et nécessaires à l'activité scientifique comme à l'industrie au Cameroun, de collecter et d'analyser les données scientifiques et techniques du CNDT, de constituer une banque de données sur les inventions et résultats de recherche, et de mettre en place un portail électronique sur le Système d'Information Scientifique et Technique.

Placé sous l'autorité d'un Chef de Secrétariat, le Secrétariat de la Prospective et des Conférences est chargé de l'identification des partenaires techniques et financiers, de l'organisation des conférences et des ateliers de transfert technologique, ainsi que de l'organisation des journées portes ouvertes, foires et expositions des produits de la recherche du CNDT.

Les Secrétariats des Commissions Techniques constituent le cœur scientifique et technologique du CNDT. Répartis en cinq domaines spécialisés, ils assurent la veille technologique, l'inventaire des technologies locales, la conception et la réalisation de prototypes, la préparation de contenus destinés à la diffusion et la proposition de modules de formation et de thèmes de conférences.